Accediendo a MongoDB desde R

Si leéis el blog con cierta frecuencia seguro que ya os suena MongoDB, una base de datos NoSQL de tipo documental que almacena BSON (JSON binarios).

R por su lado es un lenguaje para análisis estadístico y generación de gráficos (ver post)

En R existen 2 paquetes que permiten conectar con MongoDB: RMongo y rmongodb.

RMongo funciona a través de llamadas Java al mongo-java-driver y rmongodb a través del driver C:

Veamos como funciona cada uno:

En RMongo este programa

library(RMongo)

mg1 <- mongoDbConnect(‘db’)

print(dbShowCollections(mg1))

query <- dbGetQuery(mg1, ‘test’, «{‘AGE’: {‘$lt’: 10}, ‘LIQ’: {‘$gte’: 0.1}, ‘IND5A’: {‘$ne’: 1}}»)

data1 <- query[c(‘AGE’, ‘LIQ’, ‘IND5A’)]

summary(data1)

genera:

En rmongodb el programa es algo más denso:

library(rmongodb)

mg2 <- mongo.create()

print(mongo.get.databases(mg2))

print(mongo.get.database.collections(mg2, ‘db’))

buf <- mongo.bson.buffer.create()

mongo.bson.buffer.start.object(buf, ‘AGE’)

mongo.bson.buffer.append(buf, ‘$lt’, 10)

mongo.bson.buffer.finish.object(buf)

mongo.bson.buffer.start.object(buf, ‘LIQ’)

mongo.bson.buffer.append(buf, ‘$gte’, 0.1)

mongo.bson.buffer.finish.object(buf)

mongo.bson.buffer.start.object(buf, ‘IND5A’)

mongo.bson.buffer.append(buf, ‘$ne’, 1)

mongo.bson.buffer.finish.object(buf)

query <- mongo.bson.from.buffer(buf)

cur <- mongo.find(mg2, ‘db.test’, query = query)

age <- liq <- ind5a <- NULL

while (mongo.cursor.next(cur)) {

value <- mongo.cursor.value(cur)

age <- rbind(age, mongo.bson.value(value, ‘AGE’))

liq <- rbind(liq, mongo.bson.value(value, ‘LIQ’))

ind5a <- rbind(ind5a, mongo.bson.value(value, ‘IND5A’))

}

mongo.destroy(mg2)

data2 <- data.frame(AGE = age, LIQ = liq, IND5A = ind5a)

summary(data2)

que genera:

Sin dudas voy a empezar por RMongo :).