Gracias a Rubén, Oscar y Diego he conocido (recordado en algún caso :)) unas cuantas librerías open-source Java para convertir coordenadas geográficas entre diferentes sistemas de referencia.
GeoTools es un ToolKit Java GIS open-source muy complete y usado!
Entre sus muchas funcionalidades está la que buscamos hoy :):
En este ejemplo se transforma de UTM zone 29N (EPSG code 25829) a WGS84 (EPSG code 4326)
GDAL – Geospatial Data Abstraction Library es una librería open-source para convertir entre formatos geospaciales.
Tiene APIS en C, C++ y una versión en Java: http://gdal.org/java/.
En esta página podéis encontrar más información, incluso ejemplos en Java para todo lo que ofrece, por ejemplo este código para transformar de WGS84 a GRS67:
Tiene además un pequeño interfaz gráfico:
Lo peor de GDAL 4 Java es que necesita una librería nativa JNI para funcionar:
export LD_LIBRARY_PATH=/path_to/gdal-1.10.1/swig/java
Este ejemplo explica con detalle los pasos para configurarlo en nuestro Eclipse y en Maven.
Proj4J es otra librería Java para transformer coordenadas entre sistemas geográficos, en este caso es su única funcionalidad :).
Esta librería es un porting a Java de la librería PROJ.4 C. Desafortunadamente según sus creadores aún no está preparada para descargarse, aunque si que podéis acceder a sus fuentes: http://svn.osgeo.org/metacrs/proj4j
En Javascript tenemos entre otras Proj4Js que como Proj4J es un porting de PROJ.4 a Javascript. Tiene un API muy sencilla:
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Desarrollador,Java,GIS]
Un poco de Java 
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