JaCoCo es una librería Java libre para controlar la cobertura de código creado por el equipo de EclEmma.
Aunque aún va sólo por la versión 0.5.5 ya se puede usar.
Podéis ver un ejemplo de los informes que genera.
Se puede usar desde Java, Ant o Maven, con Sonar o desde Eclipse.
Un poco de Java 
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