Creo que las herramientas para el prototipado de interfaces de usuario son fundamentales en cualquier proyecto software, ya que permiten crear rápidamente bocetos, y estos agilizan el entendimiento entre el cliente, el grupo de análisis y el de desarrollo.
Muestra de la importancia que les doy son estas dos referencias:
https://unpocodejava.wordpress.com/2010/01/12/herramientas-para-crear-bocetos-de-pantallas/
Esta vez, rizando el rizo, os recomiendo una herramienta de Microsoft :), Microsoft SketchFlow.
La herramienta es bastante completa,
permite modelar la navegación,
Genera HTML:
cargar datos de ejemplo,…
Desafortunadamente es de pago, aunque podéis descargar un Trial de:
Parece que los RIAs de Escritorio (véase AIR o la extensión de SilverLight) son ideales para crear aplicaciones de este tipo, me imagino que en gran parte porque todo el mundo tiene un navegador y por tanto el plugin de Flash (y en un futuro el de Silverlight).
Un poco de Java 
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